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data_4025442
loop_
_publ_author_name
'Shingo Ishikawa'
'Fumiaki Noguchi'
'Akio Kamimura'
_publ_section_title
;
 Asymmetric Synthesis of 2-Alkyl-Substituted 2,5-Dihydropyrroles from
 Optically Active Aza-Baylis-Hillman Adducts. Formal Synthesis of
 (-)-Trachelanthamidine.
;
_journal_name_full               'Journal of Organic Chemistry'
_journal_page_first              3578
_journal_page_last               3586
_journal_paper_doi               10.1021/jo100315j
_journal_volume                  75
_journal_year                    2010
_chemical_absolute_configuration 'CHOOSE rm ad rmad syn or unk'
_chemical_formula_moiety         'C25 H39 N O5 S Si '
_chemical_formula_sum            'C25 H39 N O5 S Si'
_chemical_formula_weight         493.73
_space_group_IT_number           4
_symmetry_cell_setting           monoclinic
_symmetry_Int_Tables_number      4
_symmetry_space_group_name_Hall  'P 2yb'
_symmetry_space_group_name_H-M   'P 1 21 1'
_cell_angle_alpha                90.0000
_cell_angle_beta                 110.144(2)
_cell_angle_gamma                90.0000
_cell_formula_units_Z            2
_cell_length_a                   11.8985(10)
_cell_length_b                   10.8903(8)
_cell_length_c                   11.9769(8)
_cell_measurement_reflns_used    8510
_cell_measurement_temperature    296.1
_cell_measurement_theta_max      27.8
_cell_measurement_theta_min      3.5
_cell_volume                     1457.01(19)
_computing_cell_refinement       PROCESS-AUTO
_computing_data_collection       PROCESS-AUTO
_computing_data_reduction        CrystalStructure
_computing_publication_material  'CrystalStructure 3.8'
_computing_structure_refinement  CRYSTALS
_computing_structure_solution    SIR92
_diffrn_detector_area_resol_mean 10.00
_diffrn_measured_fraction_theta_full 0.984
_diffrn_measured_fraction_theta_max 0.984
_diffrn_measurement_device_type  'Rigaku RAXIS-RAPID'
_diffrn_measurement_method       ω
_diffrn_radiation_type           'Mo K\a'
_diffrn_radiation_wavelength     0.71075
_diffrn_reflns_av_R_equivalents  0.065
_diffrn_reflns_limit_h_max       15
_diffrn_reflns_limit_h_min       0
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_diffrn_reflns_limit_k_min       0
_diffrn_reflns_limit_l_max       14
_diffrn_reflns_limit_l_min       -15
_diffrn_reflns_number            3462
_diffrn_reflns_theta_full        27.49
_diffrn_reflns_theta_max         27.49
_exptl_absorpt_coefficient_mu    0.183
_exptl_absorpt_correction_type   none
_exptl_crystal_colour            colorless
_exptl_crystal_density_diffrn    1.125
_exptl_crystal_density_method    'not measured'
_exptl_crystal_description       platelet
_exptl_crystal_F_000             532.00
_exptl_crystal_size_max          0.50
_exptl_crystal_size_mid          0.20
_exptl_crystal_size_min          0.07
_refine_diff_density_max         0.25
_refine_diff_density_min         -0.28
_refine_ls_extinction_method     none
_refine_ls_goodness_of_fit_ref   3.478
_refine_ls_hydrogen_treatment    refall
_refine_ls_number_parameters     342
_refine_ls_number_reflns         2181
_refine_ls_R_factor_gt           0.0651
_refine_ls_shift/su_max          0.0000
_refine_ls_structure_factor_coef F
_refine_ls_weighting_details     'w = 1/σ²(Fo)'
_refine_ls_weighting_scheme      sigma
_refine_ls_wR_factor_ref         0.0381
_reflns_number_gt                2163
_reflns_number_total             3462
_reflns_threshold_expression     F²>2.0σ(F²)
_cod_data_source_file            jo100315j_si_002.cif
_cod_data_source_block           '_SI07015'
_cod_original_cell_volume        1457.00(18)
_cod_original_formula_sum        'C25 H39 N O5 S Si '
_cod_database_code               4025442
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 +X,+Y,+Z
2 -X,1/2+Y,-Z
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags
_atom_site_disorder_assembly
_atom_site_disorder_group
S(1) S -0.95768(14) -0.2324(4) -0.52212(11) 0.0514(4) Uani 1.00 1 d . . .
Si(2) Si -0.57577(17) 0.2396(3) -0.71489(16) 0.0674(6) Uani 1.00 1 d . . .
O(1) O -0.6438(5) 0.1141(4) -0.7026(3) 0.102(2) Uani 1.00 1 d . . .
O(3) O -0.9283(4) -0.3375(3) -0.4446(3) 0.0593(14) Uani 1.00 1 d . . .
O(4) O -0.8860(3) -0.2658(3) -0.9900(3) 0.0646(14) Uani 1.00 1 d . . .
O(6) O -0.9269(3) -0.1115(3) -0.4728(3) 0.0636(15) Uani 1.00 1 d . . .
O(7) O -0.9867(4) -0.0932(4) -0.9777(3) 0.0781(16) Uani 1.00 1 d . . .
N(1) N -0.8906(3) -0.2534(4) -0.6182(3) 0.0447(13) Uani 1.00 1 d . . .
C(1) C -0.9061(5) -0.1642(4) -0.7165(4) 0.0449(19) Uani 1.00 1 d . . .
C(2) C -0.9502(4) -0.2468(6) -0.8267(3) 0.0495(17) Uani 1.00 1 d . . .
C(9) C -0.9436(5) -0.1908(6) -0.9407(4) 0.058(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(12) C -1.1124(4) -0.2349(6) -0.5979(3) 0.0455(16) Uani 1.00 1 d . . .
C(13) C -0.8838(5) -0.2427(8) -1.1117(4) 0.063(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(14) C -1.2971(8) -0.3437(7) -0.6854(6) 0.069(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(15) C -0.8833(6) -0.3815(5) -0.6584(4) 0.065(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(16) C -0.7487(6) -0.0063(5) -0.6049(5) 0.073(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(17) C -0.8795(6) -0.3664(5) -0.7839(4) 0.067(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(18) C -1.3610(6) -0.2352(9) -0.7136(5) 0.070(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(19) C -0.7895(5) -0.0971(5) -0.7037(4) 0.067(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(20) C -1.1734(8) -0.1242(6) -0.6279(6) 0.069(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(21) C -1.1760(7) -0.3428(5) -0.6272(5) 0.061(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(22) C -0.6009(5) 0.2532(7) -0.8767(4) 0.069(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(23) C -0.6345(6) 0.0562(6) -0.5930(5) 0.095(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(24) C -1.0100(5) -0.2406(8) -1.1979(4) 0.093(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(25) C -0.8151(7) -0.3543(7) -1.1298(5) 0.108(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(26) C -1.2967(9) -0.1275(7) -0.6832(7) 0.084(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(27) C -1.4961(5) -0.2368(8) -0.7716(5) 0.105(2) Uani 1.00 1 d . . .
C(28) C -0.4145(5) 0.2290(7) -0.6266(6) 0.118(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(29) C -0.5455(7) 0.1426(7) -0.9164(6) 0.107(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(30) C -0.8157(6) -0.1245(8) -1.1127(6) 0.110(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(31) C -0.7333(6) 0.2567(9) -0.9487(5) 0.122(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(32) C -0.6413(7) 0.3718(7) -0.6602(7) 0.124(3) Uani 1.00 1 d . . .
C(33) C -0.5395(8) 0.3686(7) -0.9014(8) 0.142(4) Uani 1.00 1 d . . .
H(1) H -1.5321 -0.2378 -0.7121 0.128 Uiso 1.00 1 c R . .
H(2) H -1.5230 -0.1668 -0.8210 0.128 Uiso 1.00 1 c R . .
H(3) H -1.5178 -0.3091 -0.8185 0.128 Uiso 1.00 1 c R . .
H(4) H -1.0372 -0.1580 -1.2051 0.114 Uiso 1.00 1 c R . .
H(5) H -1.0134 -0.2702 -1.2736 0.114 Uiso 1.00 1 c R . .
H(6) H -1.0595 -0.2900 -1.1685 0.114 Uiso 1.00 1 c R . .
H(7) H -0.8716 -0.4174 -1.1644 0.136 Uiso 1.00 1 c R . .
H(8) H -0.7718 -0.3356 -1.1811 0.136 Uiso 1.00 1 c R . .
H(9) H -0.7611 -0.3814 -1.0552 0.136 Uiso 1.00 1 c R . .
H(10) H -0.7328 -0.1407 -1.0933 0.140 Uiso 1.00 1 c R . .
H(11) H -0.8466 -0.0892 -1.1899 0.140 Uiso 1.00 1 c R . .
H(12) H -0.8269 -0.0689 -1.0562 0.140 Uiso 1.00 1 c R . .
H(13) H -0.6061 0.0815 -0.9416 0.133 Uiso 1.00 1 c R . .
H(14) H -0.5182 0.1620 -0.9801 0.133 Uiso 1.00 1 c R . .
H(15) H -0.4805 0.1125 -0.8509 0.133 Uiso 1.00 1 c R . .
H(16) H -0.7630 0.3384 -0.9577 0.146 Uiso 1.00 1 c R . .
H(17) H -0.7459 0.2221 -1.0249 0.146 Uiso 1.00 1 c R . .
H(18) H -0.7743 0.2090 -0.9084 0.146 Uiso 1.00 1 c R . .
H(19) H -0.4604 0.3476 -0.8963 0.177 Uiso 1.00 1 c R . .
H(20) H -0.5822 0.3995 -0.9786 0.177 Uiso 1.00 1 c R . .
H(21) H -0.5365 0.4296 -0.8438 0.177 Uiso 1.00 1 c R . .
H(22) H -0.3718 0.1946 -0.6730 0.130 Uiso 1.00 1 c R . .
H(23) H -0.3843 0.3086 -0.6005 0.130 Uiso 1.00 1 c R . .
H(24) H -0.4050 0.1781 -0.5595 0.130 Uiso 1.00 1 c R . .
H(25) H -0.5976 0.3814 -0.5778 0.146 Uiso 1.00 1 c R . .
H(26) H -0.6370 0.4456 -0.7009 0.146 Uiso 1.00 1 c R . .
H(27) H -0.7226 0.3541 -0.6711 0.146 Uiso 1.00 1 c R . .
H(28) H -0.9512 -0.4280 -0.6594 0.081 Uiso 1.00 1 c R . .
H(29) H -0.8126 -0.4199 -0.6073 0.081 Uiso 1.00 1 c R . .
H(30) H -0.7421 -0.0471 -0.5328 0.085 Uiso 1.00 1 c R . .
H(31) H -0.8078 0.0562 -0.6201 0.085 Uiso 1.00 1 c R . .
H(32) H -0.7996 -0.3579 -0.7825 0.083 Uiso 1.00 1 c R . .
H(33) H -0.9166 -0.4337 -0.8335 0.083 Uiso 1.00 1 c R . .
H(34) H -0.7984 -0.0556 -0.7759 0.081 Uiso 1.00 1 c R . .
H(35) H -0.7289 -0.1579 -0.6896 0.081 Uiso 1.00 1 c R . .
H(36) H -0.6140 0.1151 -0.5306 0.109 Uiso 1.00 1 c R . .
H(37) H -0.5739 -0.0049 -0.5760 0.109 Uiso 1.00 1 c R . .
H(38) H -0.9658 -0.1057 -0.7180 0.054 Uiso 1.00 1 c R . .
H(39) H -1.0319 -0.2654 -0.8408 0.058 Uiso 1.00 1 c R . .
H(40) H -1.3392 -0.4192 -0.7065 0.083 Uiso 1.00 1 c R . .
H(41) H -1.1312 -0.0485 -0.6110 0.086 Uiso 1.00 1 c R . .
H(42) H -1.1337 -0.4182 -0.6075 0.076 Uiso 1.00 1 c R . .
H(43) H -1.3393 -0.0522 -0.7031 0.104 Uiso 1.00 1 c R . .
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_description
_atom_type_scat_dispersion_real
_atom_type_scat_dispersion_imag
_atom_type_scat_source
C C 0.003 0.002
;
International Tables for Crystallography
(1992, Vol. C, Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4)
;
H H 0.000 0.000
;
International Tables for Crystallography
(1992, Vol. C, Table 6.1.1.4)
;
O O 0.011 0.006
;
International Tables for Crystallography
(1992, Vol. C, Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4)
;
N N 0.006 0.003
;
International Tables for Crystallography
(1992, Vol. C, Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4)
;
S S 0.125 0.123
;
International Tables for Crystallography
(1992, Vol. C, Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4)
;
Si Si 0.082 0.070
;
International Tables for Crystallography
(1992, Vol. C, Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4)
;
loop_
_geom_angle_atom_site_label_1
_geom_angle_atom_site_label_2
_geom_angle_atom_site_label_3
_geom_angle
_geom_angle_publ_flag
_geom_angle_site_symmetry_1
_geom_angle_site_symmetry_2
_geom_angle_site_symmetry_3
O(3) S(1) O(6) 119.5(2) yes . . .
O(3) S(1) N(1) 105.9(3) yes . . .
O(3) S(1) C(12) 107.5(3) yes . . .
O(6) S(1) N(1) 107.6(3) yes . . .
O(6) S(1) C(12) 107.6(3) yes . . .
N(1) S(1) C(12) 108.4(2) yes . . .
O(1) Si(2) C(22) 104.8(3) yes . . .
O(1) Si(2) C(28) 110.4(3) yes . . .
O(1) Si(2) C(32) 109.7(3) yes . . .
C(22) Si(2) C(28) 111.3(3) yes . . .
C(22) Si(2) C(32) 111.6(3) yes . . .
C(28) Si(2) C(32) 109.0(3) yes . . .
Si(2) O(1) C(23) 125.0(3) yes . . .
C(9) O(4) C(13) 121.1(4) yes . . .
S(1) N(1) C(1) 120.7(3) yes . . .
S(1) N(1) C(15) 117.3(4) yes . . .
C(1) N(1) C(15) 111.2(3) yes . . .
N(1) C(1) C(2) 102.1(4) yes . . .
N(1) C(1) C(19) 111.8(3) yes . . .
C(2) C(1) C(19) 113.4(5) yes . . .
C(1) C(2) C(9) 115.4(5) yes . . .
C(1) C(2) C(17) 102.9(3) yes . . .
C(9) C(2) C(17) 116.6(5) yes . . .
O(4) C(9) O(7) 127.1(6) yes . . .
O(4) C(9) C(2) 110.2(5) yes . . .
O(7) C(9) C(2) 122.7(6) yes . . .
S(1) C(12) C(20) 118.9(5) yes . . .
S(1) C(12) C(21) 122.3(5) yes . . .
C(20) C(12) C(21) 118.8(5) yes . . .
O(4) C(13) C(24) 109.0(5) yes . . .
O(4) C(13) C(25) 101.3(5) yes . . .
O(4) C(13) C(30) 109.8(5) yes . . .
C(24) C(13) C(25) 111.9(6) yes . . .
C(24) C(13) C(30) 113.0(6) yes . . .
C(25) C(13) C(30) 111.1(6) yes . . .
C(18) C(14) C(21) 120.8(7) yes . . .
N(1) C(15) C(17) 104.0(4) yes . . .
C(19) C(16) C(23) 114.8(6) yes . . .
C(2) C(17) C(15) 102.8(4) yes . . .
C(14) C(18) C(26) 117.0(7) yes . . .
C(14) C(18) C(27) 120.6(8) yes . . .
C(26) C(18) C(27) 122.4(8) yes . . .
C(1) C(19) C(16) 115.7(5) yes . . .
C(12) C(20) C(26) 118.2(6) yes . . .
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Si(2) C(22) C(31) 111.0(4) yes . . .
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O(3) S(1) N(1) C(1) 177.2(3) ? . . . .
O(3) S(1) N(1) C(15) 36.0(3) ? . . . .
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O(3) S(1) C(12) C(21) -31.8(6) ? . . . .
O(6) S(1) N(1) C(1) -54.0(3) ? . . . .
O(6) S(1) N(1) C(15) 164.9(3) ? . . . .
O(6) S(1) C(12) C(20) 17.2(6) ? . . . .
O(6) S(1) C(12) C(21) -161.7(5) ? . . . .
N(1) S(1) C(12) C(20) -98.8(6) ? . . . .
N(1) S(1) C(12) C(21) 82.2(6) ? . . . .
C(12) S(1) N(1) C(1) 62.1(4) ? . . . .
C(12) S(1) N(1) C(15) -79.1(4) ? . . . .
O(1) Si(2) C(22) C(29) -61.3(5) ? . . . .
O(1) Si(2) C(22) C(31) 58.4(6) ? . . . .
O(1) Si(2) C(22) C(33) -179.4(5) ? . . . .
C(22) Si(2) O(1) C(23) 170.3(5) ? . . . .
C(28) Si(2) O(1) C(23) 50.3(7) ? . . . .
C(32) Si(2) O(1) C(23) -69.8(6) ? . . . .
C(28) Si(2) C(22) C(29) 58.0(6) ? . . . .
C(28) Si(2) C(22) C(31) 177.7(6) ? . . . .
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C(32) Si(2) C(22) C(29) -180.0(4) ? . . . .
C(32) Si(2) C(22) C(31) -60.3(7) ? . . . .
C(32) Si(2) C(22) C(33) 61.9(6) ? . . . .
Si(2) O(1) C(23) C(16) 148.2(5) ? . . . .
C(9) O(4) C(13) C(24) -58.9(8) ? . . . .
C(9) O(4) C(13) C(25) -176.9(5) ? . . . .
C(9) O(4) C(13) C(30) 65.5(6) ? . . . .
C(13) O(4) C(9) O(7) -9.1(9) ? . . . .
C(13) O(4) C(9) C(2) 170.1(4) ? . . . .
S(1) N(1) C(1) C(2) -124.7(4) ? . . . .
S(1) N(1) C(1) C(19) 113.7(4) ? . . . .
S(1) N(1) C(15) C(17) 151.5(3) ? . . . .
C(1) N(1) C(15) C(17) 6.8(6) ? . . . .
C(15) N(1) C(1) C(2) 18.6(5) ? . . . .
C(15) N(1) C(1) C(19) -103.0(5) ? . . . .
N(1) C(1) C(2) C(9) -164.4(4) ? . . . .
N(1) C(1) C(2) C(17) -36.3(5) ? . . . .
N(1) C(1) C(19) C(16) -71.0(6) ? . . . .
C(2) C(1) C(19) C(16) 174.2(4) ? . . . .
C(19) C(1) C(2) C(9) -43.9(6) ? . . . .
C(19) C(1) C(2) C(17) 84.2(5) ? . . . .
C(1) C(2) C(9) O(4) 127.8(5) ? . . . .
C(1) C(2) C(9) O(7) -52.9(7) ? . . . .
C(1) C(2) C(17) C(15) 41.1(5) ? . . . .
C(9) C(2) C(17) C(15) 168.5(4) ? . . . .
C(17) C(2) C(9) O(4) 6.8(6) ? . . . .
C(17) C(2) C(9) O(7) -173.9(5) ? . . . .
S(1) C(12) C(20) C(26) -177.2(6) ? . . . .
S(1) C(12) C(21) C(14) 179.3(6) ? . . . .
C(20) C(12) C(21) C(14) 0.4(10) ? . . . .
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C(21) C(14) C(18) C(27) -176.4(7) ? . . . .
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C(19) C(16) C(23) O(1) 55.9(7) ? . . . .
C(23) C(16) C(19) C(1) 179.1(4) ? . . . .
C(14) C(18) C(26) C(20) 0.7(13) ? . . . .
C(27) C(18) C(26) C(20) 178.6(8) ? . . . .
C(12) C(20) C(26) C(18) -2.3(13) ? . . . .
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1 ChemSpider 30659208
